Homenageando o artista Candido Portinari (1903-1962), o Relatório de Atividades 2009 registrou outro recorde no número de projetos contratados, 11.470, com a seguinte distribuição:
• Bolsas: 5.995 (52,26%);
• Auxílios Regulares: 3.953 (34,46%);
• Programas Especiais: 1.299 (11,32%); e
• Programas de Pesquisa para Inovação Tecnológica: 223 (1,94%).
Em 2009, o desembolso da FAPESP em pesquisa foi de R$ 679,52 milhões, assim distribuídos:
• formação de recursos humanos para a pesquisa, que compreende os programas de bolsa: 36%;
• apoio à pesquisa acadêmica, que compreende as modalidades de auxílio em temas de livre escolha do pesquisador: 56%;
• apoio à pesquisa voltada a aplicações, nos quais a FAPESP especifica setores por temas de aplicações: 8%.
Em 2009, o número médio de bolsas vigentes no ano (contratadas no ano e nos anos anteriores) foi de 10.705.
Em 2009, a receita da FAPESP foi de R$ 734,54 milhões, dos quais R$ 679,52 milhões destinaram-se ao apoio à pesquisa. O valor é 6,53% superior ao desembolsados em 2008.
O Programa Biota-FAPESP completou dez anos, comemorados com a realização do workshop Biota+10, que fez o balanço dos trabalhos realizados no período de 1999 a 2009 e estabeleceu prioridades e metas para os próximos dez anos.