O Relatório de Atividades 2000 destaca:
“Graças a um programa especial de pesquisa em genômica concebido pela FAPESP em 1997, e a partir daí sustentado pela instituição de forma extremamente dinâmica e inovadora, a ciência brasileira conquistou, no ano 2000, visibilidade e reconhecimento internacionais inéditos em sua história”, com a conclusão do sequenciamento do genoma da bactéria Xylella fastidiosa, o primeiro genoma de um patógeno vegetal sequenciado no mundo.
Em 2000, foram concluídos também os projetos Genoma Cana e Genoma Xanthomonas citri e criados outros três, o Genomas Agronômicos e Ambientais, o Genoma Clínico do Câncer e o Genoma Estrutural.
Outro desdobramento do Programa Genoma-FAPESP foi a criação, em dezembro, da Rede de Biologia Molecular Estrutural, em pareceria com o Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, para identificação e análise de estruturas de proteínas.
Também em dezembro, a FAPESP lançou a Rede de Biodiversidade Genética de Vírus (VGDN), com um orçamento equivalente a US$ 8 milhões e o propósito de estudar as variedades genéticas de quatro virus: o HIV-1, tipo de vírus da Aids mais comum no Brasil ; o HCV, agente causador da hepatite C; o Hantavírus, que provoca uma síndrome pulmonar; e o VRS (virus respirat6rio sincicial), responsável por infecções respiratórias.
Em 2000, a FAPESP concedeu 4.965 bolsas e 3.576 auxílios a pesquisa, dos quais 79 na categoria de projetos temáticos.