Em maio de 2012, a FAPESP anunciou a continuidade do apoio financeiro a 18 INCTs do Estado de São Paulo que haviam completado os três primeiros anos de apoio.
Para a continuidade dos 18 projetos no Estado de São Paulo a FAPESP aprovou R$ 14.297.080,06, o CNPq R$ 14.353.330,06, a Petrobras R$ 829.932,00 e o Ministério da Saúde R$ 753.738,75.
Os 122 projetos do programa INCT começaram a ser executados entre o fim de 2008 e o início de 2010.
Foram aprovados recursos na ordem de R$ 607 milhões para os projetos aprovados para todos os estados brasileiros. Desse total, a FAPESP apoiou R$ 113,4 milhões, o que corresponde à metade do financiamento de 44 institutos que têm Pesquisadores Responsáveis vinculados a instituições de ensino superior e pesquisa no Estado de São Paulo.
Em novembro de 2016 a FAPESP anunciou os 33 INCTs do Estado de São Paulo que integravam os 101 aprovados de todo o país a serem financiados com recursos federais e estaduais no valor total de até R$ 641,7 milhões. A FAPESP previa uma liberação de R$ 100 milhões para o INCTs paulistas.
Para mais informações sobre os projetos em andamento ou concluídos, consulte a página sobre o acordo com o Ministério da Ciência e Tecnologia para instalação dos INCTs na Biblioteca Virtual da FAPESP.