O Relatório de Atividades assinala que o fato marcante de 1990 foi o lançamento do programa de apoio a projetos temáticos de equipe, com o propósito de estimular a cooperação entre grupos de pesquisa de várias áreas e instituições. No segundo semestre, chegaram 305 pedidos, dos quais 165 haviam sido classificados para análise de assessores externos, a partir de janeiro de 1991.
A expansão da rede ANSP prosseguiu, com a perspectiva de integração à então nascente rede Internet, já com 30.000 instituições interligadas.
Em 1990, a FAPESP concedeu 1.749 pedidos de auxílio à pesquisa, selecionados entre os 3.249 recebidos, e 1.489 de bolsas, entre os 2.271 solicitadas.