Com base na possibilidade de incentivo à pesquisa expresso na Constituição federal de 1988, a nova Constituição do Estado de São Paulo ampliou em 1989 de 0,5% para 1% o valor da receita tributária paulista a ser repassado anualmente à FAPESP.
O artigo 271 da Constituição Estadual estipulava que esses recursos seriam aplicados não só no desenvolvimento científico, como até então, mas também no desenvolvimento tecnológico.
Além de elevar o índice mínimo para 1%, deduzidos os 25% do ICMS transferidos aos municípios, a Constituição determinava que a dotação fosse calculada sobre a arrecadação de cada mês e transferida no mês seguinte.