O Relatório Anual de 1694 define esse ano como “de franca consolidação da Fundação”.
Na apresentação, o diretor presidente do CTA, Jayme Cavalcanti, observou:
“A contribuição do Estado, na importância de Cr$ 875.573.000, fonte principal de manutenção da Fundação, foi recebida prontamente e e em condições muito favoráveis. Sua Excelência o Senhor Secretário da Fazenda, Dr. José Adolpho da Silva Gordo, demonstrou muito interesse pela Fundação e grande compreensão do seu papel como importante fator de desenvolvimento científico e econômico do Estado de São Paulo.”
A inflação, porém, corroía o orçamento e mesmo a compra de títulos públicos não conseguia neutralizar as perdas que causava.
Em 1964, a FAPESP recebeu 800 pedidos de financiamento e aprovou 564 (335 auxílios a pesquisa e 229 bolsas), mas a tensão política decorrente do governo militar implantado em 1964 prejudicou o andamento de alguns projetos.
“Um grande número de pesquisadores abandonou o Estado e o país, e, assim, tivemos diversos projetos prejudicados, ou mesmo paralisados, por estas circunstâncias”, observou o diretor científico, Warwick Kerr.
Ele relatou:
“Tivemos conhecimento de que deixaram o país (até 30-11-64) 38 pesquisadores que eram funcionários de diversas das nossas organizações; os que estão no exterior e não pretendem retornar ao país são em número de 18; outros se afastaram das pesquisas, sem contudo abandonar o Estado de São Paulo”.