O programa divide-se em duas fases: primeira, com dotação atual máxima de R$ 75 mil, para exame de viabilidade do projeto; a segunda, com dotação atual máxima de R$ 300 mil, para desenvolvimento do projeto até um estágio em que os resultados possam ser testados pela empresa.
Na conclusão da segunda fase deve ser apresentado um plano de negócios. Em ambas as fases são autorizadas despesas de consultoria.
O PIPE concede recursos para o pesquisador responsável pelo projeto sob a forma de bolsa em três níveis, segundo sua formação, mas não é exigida titulação acadêmica. Pesquisadores vinculados a universidade ou instituto de pesquisa devem ser aposentados, recém-doutorados ou estar em afastamento sabático.