O programa Políticas Públicas se desenvolve em duas fases.
Na primeira, os coordenadores das propostas aprovadas recebem um auxílio financeiro máximo de R$ 30 mil por um prazo de seis meses para testar a viabilidade do projeto.
Na segunda, as propostas aprovadas na primeira etapa podem receber até R$ 200 mil para desenvolvimento do projeto.
O que se espera é que, depois, as instituições parceiras (secretarias de Estado, prefeituras, ONGs) incorporem os resultados ou iniciem outros programas, assimilando os resultados favoráveis.
Carlos Henrique de Brito Cruz, então presidente da FAPESP, e José Fernando Perez, então diretor científico, assinam um artigo publicado em 2001 com o título Políticas Públicas: o compromisso da pesquisa com o social.