A FAPESP começou a financiar pesquisas tecnológicas em empresas como forma de estimular o desenvolvimento econômico e investimentos das próprias empresas em pesquisa e desenvolvimento de novos produtos.
Os projetos de pesquisa do Laboratório de Acústica e Sônica S.C. Ltda., da Brasele – Indústria Brasileira Eletrônica Ltda. e da Rodzo Engenharia Ltda. estão entre as iniciativas pioneiras.
Em 1994, com o Programa de Apoio à Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica (PITE), e em 1997, com o Programa FAPESP Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas (PIPE), a FAPESP ampliou o apoio à pesquisa científica e tecnológica para empresas sediadas no Estado de São Paulo.
Em maio de 2012 a FAPESP anunciou uma série de ações que ampliaram a ação do PIPE.
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