Implantado a partir de 1971, o BIOQ-FAPESP começou com 14 projetos de pesquisa e agregou outros 11 nos três anos seguintes. Até seu encerramento, em 1978, o programa apoiou 43 projetos de pesquisa, incluindo nove de interesse comum que originaram laboratórios para síntese de um grupo de moléculas chamadas peptídeos e para uma técnica de análise denominada espectropolarimetria.
As pesquisas do BIOQ-FAPESP fundamentaram 64 doutorados e 43 mestrados. Por meio desse programa, 20 professores visitantes estrangeiros ministraram cursos e colaboraram com as pesquisas e 29 pesquisadores viajaram para participar de congressos internacionais e visitar laboratórios.
Paschoal Senise descreve outros ganhos gerados pelo BIOQ-FAPESP no livro Origem do Instituto de Química da USP – Reminiscências e comentários, p. 119:
“Houve maior aproximação dos vários grupos de pesquisa que por sua origem apresentavam certa heterogeneidade; manteve-se a diversidade de interesses científicos, mas se ganhou em termos de pensamento comum e unidade de orientação. Poder-se-ia dizer que o programa exerceu um efeito catalítico no desenvolvimento do departamento [de Bioquímica do Instituto de Química da USP], o qual se valorizou, pôde atrair novos elementos de alto nível e alcançou ainda maior prestígio, tanto no cenário nacional quanto no internacional.”