De 1970 a 1988, a Fundação aprovou sete Projetos Especiais, atendendo a propostas de grupos de pesquisadores, na maioria dos casos filiados a diferentes instituições de pesquisa. Especialistas do exterior participaram da análise das propostas de pesquisa.
• BIOQ-FAPESP (1970)
• Meteorologia com radar (RADASP I e II) (1974)
• Tipologia das represas do estado de São Paulo (1978)
• Ação programada em águas subterrâneas (1982)
• Centro de bioterismo (1984)
• Laboratório de tratamento de imagens (1986)
• Rede ANSP (1988)
Os Projetos Temáticos de Equipe substituem os Projetos Especiais a partir de 1990.